Kepimpinan Tentera menuduh PKI pada peringkat awal. Kerajaan Presiden Suharto menggunakan singkatan "G30S/PKI". Tersiar berita kesihatan Sukarno yang memburuk dan PKI bertindak mahu merampas kuasa dan menubuhkan sebuah negara komunis. Penyiaran kartun dalam majalah Harian Rakyat bahawa PKI menyokong Gerakan 30 September dalam isu 2 Oktober .PKI dikatkan dengan Untung dari "biro khas" dan setiausaha parti, Aidit. Namun tiada bukti kukuh tentang hal ini.